혁신도시 시설관리가 지금의 행정조직으로는 어려울 것이라며, 급격히 늘어나는 도시기능을 강당할지 주민들이 우려하고 있다.

연말이면 13개기관이 이전해 업무를 개시함으로써 전입인구도 5천여명에 이를 것으로 내다보고 있지만 나주시는 주민센터는 7명의 직원으로 커버하고 있으며 총액인건비 문제로 미화요원도 배치하지 못하고 있다. 그러다보니 시설을 인수받지 않았는데도 곳곳에서 많은 민원이 발생하고 있다.

혁신도시는 원도심의 동주민센터 기능으로는 관리하기 힘들기 때문에 한시적이라도 혁신도시 시설관리단을 신설해서 관리해야 한다는 관심 있는 시민들의 생각이다. 본청 관계부서에서 협조해 관리를 한다고 하지만 부서간 업무공조가 잘 이루어질지도 알 수 없다. 혁신도시 녹지공간은 전체면적의 35%를 차지하고 있으며 공공관리 시설물이 많은 곳이다. 조경관리 전문인력 관리가 이루어 질 수 있을지 의문이다.

현재 시행3사는 나주시가 조기에 시설을 인수해 줄 것을 요청하고 있으나 나주시는 현실적으로 인수이후 관리를 감당하기 어렵다는 판단을 하고 있다. 나주시 관계자는 수년에 걸쳐 점진적으로 부분 인수해 비용부담을 줄이고 완전한 시설을 인수 한다는 것이다.

하지만 시행3사는 완공된 시설을 주민들이 사용하고 있어 조속히 인수해 줄것을 요구하고 있다. 광주전남 공동혁신도시는 7,327천㎡(222만평) 규모로 16개 공공기관이 이전하여 인구 5만명의 자족형 거점도시로 건설된다.