공사는 농업용 호소 수질 개선을 위해 공사 관리 저수지 3,429개와 지자체 관리 저수지 13,829개를 대상으로 수질을 조사하는 한편, 수질 조사 자료를 바탕으로 2008년도부터 일정 규모 이상의 저수지 87개 지구를 대상으로 중장기 수질개선사업을 시행해 왔다.
지난해까지 36지구에 대해 침강지와 인공습지를 이용한 자연형 정화시설을 설치해 수질개선사업을 완료했다.
실제, 충남 홍성에 있는 홍동저수지에서는 갈대와 수생식물을 식재한 인공습지를 수질정화에 활용하고 있으며, 오염된 물을 습지 안쪽에 채워진 자갈과 세라믹 등의 재료에 흘려보내, 접촉, 침전, 미생물에 의한 정화, 식물에 의한 흡수 등의 방식으로 수질개선이 이루어지고 있다.
그러나 섬지역의 경우, 용수가 부족해 이미 사용한 농업용수를 바다로 흘려보내기 전에 재양수해서 사용하다보니 기존 방식만으로는 수질개선에 어려움을 겪어왔다.
이에 공사는 올해부터 강화군 고구·난정지구에 신공법을 도입한다. 기존 습지를 이용한 자연정화 방식에, 전처리를 위한 신공법을 도입함으로써 획기적으로 수질개선 효율을 높인다는 방침이다. 이와 같은 기술은 그동안 수질정화가 어려웠던 양수 저수지, 삼림배수 및 담수호 수질개선에도 폭넓게 활용하게 될 것으로 기대된다.
특히 올해부터는 시범 도입한 드론을 활용한 수질 오염원 감시 및 조사를 확대하는 한편, 다양한 주체가 참여하는 수질관리 거버넌스 운영을 확대해 지역사회가 함께하는 참여형 상생협력 수질관리를 강화해 나갈 계획이다.
또한, 본사와 본부 단위로 9개 수질오염신고센터를 운영해 일반시민들도 농업용수 수질관리에 관심을 갖고 수질보전에 참여할 수 있도록 하고 있다.